Für das letzte gibts eine einfache Lösung: Verschieb die Spieler wieder auf die richtigen Positionen. Mehr kannst du da nicht machen

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Zur Taktik: Das Auba weniger trifft, ist kein Wunder. Als F9(s) ist er eher auf das Vorbereiten für die IZAs und weniger auf das Treffen ausgelegt.
Bei deinen Verteidigungsproblemen: Zuerst würde ich die IVs entweder auf Cover+Vorstopper oder nur auf Defend stellen, wobei ich rein Defend bevorzugen würde. Defend und Vorstopper zusammen ist nicht wirklich optimal.
Zudem hast du im Mittelfeld einige Lücken, da deine IZA(a) natürlich sehr aggressiv reagieren, ebenso wie dein MZ(a). Dazu noch ein BBM(s) und der DM(d) steht vollkommen alleine da, wenn du dir einen Konter fängst. Versuch es im Mittelfeld vielleicht mal mit einem BBM(s) und einem MZ(s) oder zwei MZ(s).
Und du musst dich nicht wirklich wundern, dass Schmelzer so weit aufrückt, wenn du "Mitspieler hinterlaufen" einstellst. Dann passiert das sowieso schon automatisch.
Durch die Kombination "Ball halten" + "Geduldig spielen" gehen die Spieler natürlich nur sehr wenige Aktionen ein, die aus ihrer "Sicht" Sinn machen. Lass "Ball halten" lieber weg und setze es nur ein, wenn du kurz vor Schluss führst und unnötige Ballverluste vermeiden willst.
"Im Duell auf den Beinen bleiben" stelle ich eher für "Angreifen"-Formationen ein, auf Standard lasse ich es lieber einfach weg. Generell würde ich dir empfehlen, vielleicht von "Standard" auf "Kontrolle" zu wechseln, wenn du nicht genug Chancen herausarbeitest. So gehen die Spieler mehr Risiko, was dir helfen sollte, mehr Tore zu erzielen.