Funktionale Unterschiede würde ich das nicht nennen. Es gibt Unterschiede in der Konfiguration, in der Paketverwaltung (also da, wo die Software herkommt und wie sie auf deinen Rechner kommt) und in der Basis-Zusammenstellung an Software der verschiedenen Distributionen. Den deutlichsten Unterschied merkt man imho bei den Desktopmanagern, die unterscheiden sich teils deutlich.