Wenn ich ehrlich bin, hab ich deine Problemlage mit den 2 Teams noch nicht 100%ig durchstiegen...
Was ich dir auf jeden Fall sagen kann ist, dass 1. und 2. Mannschaften seit FM16 getrennte Teams mit Affiliates sein sollten. Das wäre der korrekte Weg.
Und ja, das kannst du im Editor machen. Eine bestehende 2. Mannschaft, welche über "altem Wege" angelegt wurde, kannst du nicht einfach herauslösen, sondern müsstest sie komplett neu Anlegen und die entsprechende Affiliate einstellen, sowie die Spieler zu Not nach dort transferieren.