Es scheint irgendwie beides zu sein, Verzeichnis und Datei (kenne mich da technisch nicht aus). Wenn man regulär mit Doppelklick drauf klickt, möchte er es als Datei öffnen, aber wenn man über Rechtsklick "Paketinhalt zeigen" drauf geht, verhält es sich wie ein Verzeichnis und weitere Ordner werden angezeigt. Das gilt im ersten Schritt für die Datei/das Verzeichnis "fm.app" und im zweiten dann nochmal für "game_plugin.bundle".
in dem angegebenen Verzeichnis sieht dann auch alles aus wie gewohnt und das Ersetzen der Dateien hat funktioniert.