Hmm. Besser wäre es wirklich so gewesen: Erst Superpack, dann die extra Logos. Ich habe diese extra Logos hier hin entpackt:
Eigene Dateien\Sports Interactive\Football Manager 2009\graphics\pictures\logos
Und da sind sie jetzt auch in einem extra Ordner namens Deutsche Amateurligen. Dadurch habe ich es vermieden configs zu überschreiben. Habe jetzt aber noch kein neues Spiel gestartet, um sicher sagen zu können, dass es geht.
Ich vermute, dass du die configs ersetzt hast und dir deswegen alle anderen zig tausend Logos nicht mehr angezeigt werden.

Die musst du neu machen, das ist aber für einen Unbedarften nicht ganz einfach. Benutze dafür am besten den Graphics Configurator, weil fmxml da an seine Grenzen stößt.